Được chuyển đổi từ bến phà Thủ Thiêm đã dừng hoạt động từ ngày 1-1-2012, Bến thủy nội địa Thủ Thiêm sẽ phục vụ các đơn vị du lịch, vận tải sử dụng phương tiện thủy nội địa để vận chuyển du khách và hàng hóa; đồng thời giữ gìn những giá trị lịch sử, cảnh quan của phà Thủ Thiêm cũ.

Bến phà Thủ Thiêm trên sông Sài Gòn đã có lịch sử gần 100 năm. Sau khi cầu Thủ Thiêm và hầm vượt sông Sài Gòn đưa vào khai thác, UBND thành phố Hồ Chí Minh đã quyết định chấm dứt hoạt động của bến phà này vì lượng hành khách qua lại không còn nhiều.